Thành công trong công tác đào tạo ở bậc Đại học trở thành nền tảng vững chắc để Đại học Duy Tân mở rộng đào tạo ở trình độ cao hơn. Hiện nay, Đại học Duy Tân đào tạo trình độ Thạc sĩ với 17 chuyên ngành gồm: Quản trị Kinh doanh, Kế toán, Khoa học máy tính, Kỹ thuật Xây dựng, Tổ chức Quản lý Dược, Quan hệ Quốc tế, Kỹ thuật Điện tử, Kỹ thuật Môi trường, Luật kinh tế, Tài chính Ngân hàng, Văn học, Quản trị Dịch vụ Du lịch và Lữ hành, Điều dưỡng, An toàn Thông tin, Kỹ thuật Phần mềm, Hệ thống Thông tin Quản lý, Dược liệu - Dược học Cổ truyền đồng thời đào tạo trình độ 10 chuyên ngành Tiến sĩ ngành: Quản trị Kinh doanh, Kế toán, Khoa học Máy tính, Kỹ thuật Xây dựng, Quan hệ Quốc tế, Tài chính Ngân hàng, Tổ chức Quản lý Dược, Vật lý Lý thuyết và Vật lý Toán, Vật lý Chất rắn, Vật lý Nguyên tử và Hạt nhân. Đại học Duy Tân là trường đại học ngoài công lập đầu tiên được phép đào tạo Tiến sĩ.
Chương trình Cử nhân Trực tuyến tại Đại học Duy Tân triển khai đào tạo với hệ thống học liệu phong phú và đa dạng, bao gồm: tư liệu in (sách giáo trình), tư liệu âm thanh (bài giảng thu âm MP3/MP4), và tư liệu hình ảnh (bài giảng ghi hình). Mô hình lớp học ảo qua mạng tạo điều kiện cho giảng viên và học viên dễ dàng tương tác với nhau ở mọi thời điểm và địa điểm.
