Hiện tại, Đại học Duy Tân đào tạo 10 ngành Tiến sĩ gồm Quản trị Kinh doanh, Kế toán, Khoa học Máy tính, Kỹ thuật Xây dựng, Quan hệ Quốc tế, Tài chính Ngân hàng, Tổ chức Quản lý Dược, Vật lý Lý thuyết và Vật lý Toán, Vật lý Chất rắn, Vật lý Nguyên tử và Hạt nhân. Trong suốt quá trình theo học trình độ Tiến sĩ, nghiên cứu sinh sẽ phải hoàn thành 6 học phần (gồm 3 bắt buộc và 3 tự chọn), thực hiện báo cáo tổng quan, hoàn thành 3 chuyên đề tiến sĩ, nghiên cứu khoa học và thực hiện luận án tiến sĩ.

Các nghiên cứu sinh sẽ được hướng dẫn bởi các nhà khoa học, Giáo sư, Phó Giáo sư  khi thực hiện luận án. Để có thể tốt nghiệp, các nghiên cứu sinh bắt buộc phải có ít nhất 1 bài báo trên các tạp chí thuộc SSCI hoặc ISI bên cạnh việc tham gia công bố tại các hội nghị khoa học quốc tế. Bên cạnh đó, người học sẽ được tham gia vào công tác trợ giảng Đại học và Cao học, đồng thời có cơ hội trình bày các nghiên cứu mới của bản thân tại nhiều hội thảo quốc gia và quốc tế do trường tổ chức hàng năm.

Thời gian đào tạo trình độ Tiến sĩ đối với người có bằng Thạc sĩ là 3 năm tập trung liên tục. Trường hợp nghiên cứu sinh không theo học tập trung được thì nghiên cứu sinh phải có tổng thời gian học và nghiên cứu 4 năm, trong đó có ít nhất 12 tháng tập trung liên tục tại Trường để thực hiện đề tài nghiên cứu.

Hoàn thành Chương trình đào tạo Tiến sĩ tại Đại học Duy Tân, nghiên cứu sinh sẽ: 

- Có kỹ năng cập nhật các kiến thức mới trong lĩnh vực chuyên môn

- Kỹ năng phát hiện và trực tiếp giải quyết các vấn đề khoa học thuộc lĩnh vực nghiên cứu

- Kỹ năng ứng dụng các phương pháp nghiên cứu khoa học thiết yếu của lĩnh vực nghiên cứu

- Có kỹ năng nghiên cứu độc lập và làm việc theo nhóm

- Có khả năng đào tạo, hướng dẫn và giảng dạy các bậc học Đại học và Thạc sĩ