Năm học 2010-2011 được xem là năm học đầy cam go với các trường đại học, đặc biệt là đối với các đại học Tư thục, nhiều trường không tuyển sinh đủ chỉ tiêu và nhiều ngành học phải đóng cửa. Đây cũng là năm Bộ Giáo Dục & Đào Tạo rà soát, thanh tra hàng loạt các trường Tư và đã phát hiện ra nhiều sai phạm dẫn đến đình chỉ tuyển sinh đối với không ít trường. Chất lượng giáo dục đại học nhìn chung sụt giảm và chịu nhiều chỉ trích từ phía dư luận.
Giữa giai đoạn khó khăn chung của toàn ngành, ĐH Duy Tân đã có những hướng đi táo bạo nhằm khẳng định uy tín và nâng cao chất lượng của chính mình. Dù kinh tế gặp nhiều khó khăn song trường vẫn cố gắng tạo ra một môi trường học tập tốt nhất cho sinh viên như: xây mới cơ sở thứ 5, đầu tư xây dựng nhiều phòng thí nghiệm, phòng thực hành mới, cập nhật thêm hàng nghìn đầu sách cho cho thư viện, trang bị thêm máy tính hiện đại phục vụ sinh viên và giảng viên… Bên cạnh đó, trường còn mạnh dạn hợp tác với những trường đại học uy tín của Mỹ đưa các chương trình đào tạo chuẩn quốc tế về Việt Nam, gửi hàng trăm giảng viên sang Mỹ và Singapore học tập nâng cao chuyên môn và nghiệp vụ. Hơn 89% sinh viên tìm được việc làm trong 6 tháng đầu tiên sau khi tốt nghiệp. Đặc biệt trong khi các trường tư loay hoay với việc tìm kiếm thí sinh thì ĐH Duy Tân liên tiếp tuyển sinh đạt và vượt chỉ tiêu trong nhiều năm liền. Đây cũng chính là bằng chứng cho thấy sự tín nhiệm của các bậc phụ huynh và thí sinh đối với chất lượng đào tạo của trường. Nhiều đoàn công tác của Bộ, của Quốc hội về thăm đều đánh giá cao cơ sở vật chất cũng như hướng phát triển bền vững của trường. Đầu năm 2010, trường được chính phủ tặng Huân chương Lao động hạng Ba vì đã có đóng góp tốt cho sự nghiệp giáo dục trong nhiều năm và liên tiếp trong 2 năm học 2009-2010, 2010-2011 trường được nhận Cờ Thi đua xuất sắc do Bộ Giáo dục & Đào tạo trao tặng.
Với tư cách là Đại học Tư thục duy nhất được nhận Cờ Thi đua của chính phủ lần này, ĐH Duy Tân đã khẳng định vị thế là một trong những đại học hàng đầu Việt Nam hiện nay. Thành tích của ĐH Duy Tân cũng đã chứng minh uy tín và chất lượng giáo dục của các trường Tư không hề thua kém trường Công nếu trường Tư biết chú trọng vào chất lượng và thực sự quan tâm đến quyền lợi học tập và việc làm của sinh viên trường mình.
Được biết danh hiệu “Cờ Thi đua của Chính phủ” được xét tặng cho tập thể đạt các tiêu chuẩn sau: Là tập thể tiêu biểu xuất sắc nhất toàn quốc so sánh với các đơn vị trong toàn Ngành; có nhân tố mới, mô hình mới tiêu biểu cho cả nước học tập; nội bộ đoàn kết, đi đầu trong thực hành tiết kiệm, chống lãng phí, tham nhũng và các tệ nạn xã hội.